Đoàn đàm phán Chính phủ có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương trong công tác đàm phán, ký kết, phối hợp phê chuẩn, phê duyệt và thực thi các điều ước quốc tế, thỏa thuận quốc tế về kinh tế và thương mại của Nhà nước và Chính phủ Việt Nam, bao gồm đa phương, song phương, khu vực và các cơ chế trong khuôn khổ hợp tác quốc tế khác.